Neben den Sonderforschungsbereichen und Graduiertenschulen der Deutschen Forschungsgemeinschaft werden jetzt auch die Forschungszentren in die Programmkostenpauschale einbezogen. Mit der Programmkostenpauschale wird für Forschungsprojekte die jeweilige Fördersumme um 20% aufgestockt. Damit erhält das mit durchschnittlich fünf Millionen Euro geförderte Göttinger Forschungszentrum „Molekularphysiologie des Gehirns“ eine Million Euro jährlich zusätzlich als so genannten Overhead.